Der Diplom-Volkswirt volontierte 1985 bei der „Mainzer Allgemeine Zeitung / Wiesbadener Tagblatt“.
Von 1990 bis 1993 leitete er das Wirtschaftsressort der „Münchner Abendzeitung“, wechselte danach als Redakteur zum „Spiegel“ (1993-2001).
2001 wechselte Hans-Jürgen Jakobs zur „Süddeutschen Zeitung“, zuletzt war er dort Ressortleiter Wirtschaft.
Von Februar 2013 bis Ende 2015 war Jakobs Chefredakteur des Handelsblatts.
Seit 2016 ist er Senior Editor.