Geboren 1970 in Göppingen, studierte Volkwirtschaftslehre und absolvierte die Kölner Journalistenschule. Nach dem Studium fing er bei der Nachrichtenagentur Reuters als Wirtschaftsredakteur an, 1999 wechselte er zum Handelsblatt ins Ressort Unternehmen + Märkte.
Seite 2003 schreibt Jürgen Flauger über die Energiebranche. 2008 übernahm er die Leitung des Industrieteams, 2015 die Leitung des Teams Industrie & Energie. 2018 wurde er stellvertretender Ressortleiter. Seit Juni 2021 leitet er gemeinsam mit Markus Fasse das Ressort Unternehmen & Märkte.
Gemeinsam mit Sönke Iwersen deckte er 2010 den Skandal um den Billigstromanbieter Teldafax auf und erhielt dafür den Georg-von-Holtzbrinck-Preis für Wirtschaftspublizistik. 2012 wurde er für die Berichterstattung über den umstrittenen Einstieg des Landes Baden-Württemberg beim Energiekonzern EnBW mit dem Wächterpreis der Tagespresse ausgezeichnet.