Nach einem Stipendium der deutschen Frankfurter Karl-Gerold-Stiftung besuchte Prüfer die Deutsche Journalistenschule in München und studierte anschließend an der Ludwig-Maximilians-Universität München Journalistik.
Der Redaktion der Financial Times Deutschland gehörte er seit Start der Zeitung im Jahr 2000 an, zuletzt als Stellvertretender Leiter des Reportage-Ressorts Agenda. Im März 2007 wechselte er in die Gründungsredaktion von ZEITmagazin Leben, einem Magazin der Hamburger Wochenzeitung Die Zeit.
Er arbeitete als Kolumnist der Financial Times Deutschland und Redakteur bei der Wochenzeitung Die Zeit.